在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
演员：美山加恋 福原遥 村中知 藤田咲 森奈奈子 水濑祈 金井美香 水岛裕 皆川纯子 盐屋翼 上田祐司 千叶千惠巳 平川大辅 江川央生 竹内良太 虎岛贵明 金子诚 涩谷彩乃 引坂理绘 真木骏一 中泽匡智 祖山桃子 齐藤真知子 藤井雪代 尾畑美依奈 铃木绘理 间岛淳司 佐藤朱 西村太佑 鸟海浩辅 鱼建 驹形友梨 宫本佳那子 恒松步 津田健次郎 山口由里子 小村哲生 中村英香 佐藤拓也 天野由梨 宫泽清子 本渡枫 安野希世乃
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